中国面临的恐怖主义威胁主要是民族分裂势力和宗教极端势力以分裂国家为目的所进行的暴力恐怖活动。长期以来,尤其是20世纪90年代以来,随着伊斯兰复兴运动的兴起和苏联解体后中亚操突厥语民族国家的相继独立，中国境内外的“东突”势力又活跃起来。为实现建立所谓“东突厥斯坦国”的目的,他们在中国新疆和有关国家策划、组织了一系列爆炸、暗杀、纵火、投毒、袭击等恐怖事件,严重危害了中国各族人民群众的生命财产安全和社会稳定,并对国家和地区的安全与稳定构成了威胁。

2001年11月12日，中国外交部长唐家旋在联合国安理会反恐问题部长会议上明确表示：“‘东突'是彻头彻尾的恐怖主义，是国际恐怖主义的一部分，应予以坚决打击。”中国国务院新闻办公室于2002年1月21日发表了题为《“东突”恐怖势力难脱罪责》一文，以大量实例揭露了“东突”势力的恐怖主义本质和它对我国西北边疆的社会稳定、民族团结和经济建设所造成的现实危害，公布了它破坏我国领土完整和国家主权的罪恶活动。

现阶段中国所面临的恐怖分子可能来自东南亚的越南、缅甸等国家。越南和中国的关系由亲密的兄弟加同志的关系变成严重的敌对关系，甚至发生的大规模的战争。自从东欧剧变、苏联解体后，越方失去了苏联的庇护变得低调了。现阶段由于美国插手南海事件，使的南海关系多元化，越南也变得强硬起来。而缅甸则是因为国内战乱不断、政局不稳，使得国内的大批难民跑到中国境内，影响到中国国内的稳定和和谐。